主条目：独立游戏开发工具

游戏制作需要企划、剧本、美术、程序、音乐五大专业的整合才能制作出一款游戏，相对其他同人创作来说是技术层面较高的，因此在同人游戏的发源地日本，发展出非常多同人游戏开发的工具。其中最具知名度的有月姬使用的NScripter以及Fate/stay night使用的吉里吉里。

除了上述以外，日本Enterbrain公司开发的游戏制作大师系列因为有中文代理，再加上图形用户界面（GUI）上手简单，也拥有相当的使用群众。

NScripter

吉里吉里

RPG制作大师系列

恋爱游戏制作大师系列

东方弹幕风