近日，东亚植物演化、保护与利用学科组邱英雄研究员团队在国际植物学期刊Plant Biotechnology Journal上在线发表题为“Genome sequencing and transcriptome analyses provide insights into the origin and domestication of water caltrop (Trapa spp., Lythraceae)”的研究论文。研究团队首先通过基因组测序和组装获得了高质量的四倍体欧菱（T. natans, 2n = 4x = 96）参考基因组，并对中国分布范围内的栽培欧菱（2x）、野生欧菱（2x, 4x）以及细果野菱（2x）共57个个体进行了重测序，确定了菱属三种基因组类型，即AA、BB和AABB。模型模拟结果显示，二倍体欧菱（AA）与细果野菱（BB）的分化发生在约1个百万年前，气候动荡导致两物种在更新世中晚期（mid-to-late Pleistocene, 0.23–0.31 Ma）通过杂交形成异源四倍体欧菱（AABB）（图1）。利用系统发育分析证实所有栽培菱均来源于二倍体欧菱（AA），起源于长江流域。与考古证据及历史文献记载一致，模型模拟结果支持栽培菱角的驯化历史最早可追溯至新石器时期（约6,300年），并在南宋时期（约800年）得到进一步改良，产生诸如乌菱等特色品种。选取二倍体欧菱野生和栽培群体，在基因组水平检测人工选择信号，共确定受选择区段126个，受选择基因共205个，其中不乏与果实和根系发育相关的基因，如SUS3，XTH8，SAC7，RPD1，OCT1。研究团队进一步采集野生菱角和两个栽培品种（“乌菱”和“南湖菱”）成熟叶片和5个花/果期（F0–F5）样品进行转录组测序。差异表达分析表明，野生菱和栽培菱之间的差异表达基因数量远远高于两个栽培菱之间的差异表达基因数量。同时，研究团队将野生菱和栽培菱的5个花/果期的差异表达基因划分为四种时序表达模式，并且发现野生菱和栽培菱之间的时序表达模式存在较大差异。本研究通过解析菱属植物的起源和驯化过程，加深了我们对水生植物的多倍体起源、演化和驯化的认识，佐证了长江流域是我国农业文明的重要起源地；同时，大量基因组资源的解析也为菱属分子辅助育种提供了重要基础。